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冬瓜山矿区主要出露下-中三叠统沉积岩系，深部可见上泥盆统一上二叠统地层。矿区褶皱构造为青山背斜，轴向35-45°，呈“S”形展布，宽约8km，长约22．5km，向东北倾伏，北西翼较陡，南东翼较缓。此外区内还发育一些小揉皱。断裂构造主要为南北向，其次为东西向，以及北东向、北西西-北北西向；成矿后主要是北西向，次为东西向。