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基于菊花枯萎病对根际土壤真菌群落结构的影响为了给菊花枯萎病的防治提供一定的研究思路，通过实地考察，以云南省具有代表性的菊花种植基地采集病健植株根际土壤作为试验样本，运用高通量测序技术，分析采集到的健康植株与发病植株的根际土真菌的群落差异。结果表明：菊花健康植株根际土壤的Shannon、ACE和Chao指数分别比菊花感病植株高0.988 9、37.48和33.39,而Simpson指数比感病植株低0.29;健康的菊花植株根际土中真菌特有的操作分类单元（OTUs）比菊花感病植株高5.06百分点，说明菊花病健植株的根际土壤真菌群落存在明显差异；同时，两类根际土主要优势菌纲是粪壳菌纲（Sordariomycetes）、被孢霉纲（Mortierellomycetes）、座囊菌纲（Dothideomycetes）,且粪壳菌纲在菊花病健植株根际土纲水平上的相对丰富度最高；主要优势菌目有肉座菌目（Hypocreales）、小丛壳目（Glomerellales）、被孢霉目（Mortierellales）,且肉座菌目（Hypocreales）在菊花病健植株根际土目水平上的相对丰富度最高；主要优势菌科为肉座菌科（Hypocreaceae）、小不整球壳科（Plectosphaerellaceae）、被孢霉科（Mortierellaceae）,且肉座菌科在菊花病健植株根际土科水平上的相对丰富度最高；主要优势菌属有木霉属（Trichoderma）、织球壳菌属（Plectosphaerella）、被孢霉属（Mortierella）,且木霉属在菊花病健植株根际土属水平上的丰富度最高；主要优势菌种有棘孢木霉（Trichoderma asperellum）、unclassifield＿g＿Plectosphaerella、皱枝孢霉（Cladosporium delicatulum）,且棘孢木霉在菊花病健植株根际土种水平上的相对丰富度最高。高通量测序技术结果表明，菊花枯萎病会致使土壤微生物结构群落发生改变，健康植株的土壤真菌群落结构更为丰富，而病变植株由于根际土壤的微生物菌群减少从而影响菊花的正常生长。