【摘 要】
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目的 基于计算机辅助技术预测芝麻寡肽的体内转运性质.方法 收集芝麻中主要蛋白序列,以计算机辅助技术进行蛋白模拟消化水解,将水解获得的寡肽构建虚拟结构数据库.构建寡肽转
【机 构】
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北京中医药大学中药学院 北京102488
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目的 基于计算机辅助技术预测芝麻寡肽的体内转运性质.方法 收集芝麻中主要蛋白序列,以计算机辅助技术进行蛋白模拟消化水解,将水解获得的寡肽构建虚拟结构数据库.构建寡肽转运蛋白2(PepT2)底物的支持向量机(SVM)模型后,通过数据处理和参数寻优方法挑选最优模型,预测芝麻PepT2的底物成分.结果 芝麻寡肽数据库共包括346条寡肽,利用筛选获得45个描述符,创建了PepT2底物的SVM模型,模型的准确度、灵敏度和特异性均在85%以上.经受试者工作特征(ROC)分析,其曲线下面积(AUC) >0.9.利用PepT2底物模型预测芝麻寡肽数据库,发现36%的芝麻寡肽具有通过PepT2转运的潜在活性.结论 利用计算机辅助水解技术构建了中药芝麻寡肽数据库,以PepT2底物SVM模型预测芝麻寡肽的体内转运性质,模型准确、稳定、灵敏、特异性高,为开展寡肽类中药成分的性质研究提供了新的方法.
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