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[目的]从分子水平探究皖南牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]利用PCR产物直接测序、荧光微卫星分型方法，选择2个Y-SNPs标记（UTY-19和ZFY-10）和2个Y-STRS位点（INRA189和BM861）对35头皖南公牛进行遗传多样性检测。[结果]发现35头皖南公牛包含Y1、Y2和Y33种单倍型组，其频率分别为2．86％、8．56％和88．58％。普通牛Y1单倍型组只有1种单倍型（Y1-98-158），普通牛Y2单倍型组有3种单倍型（Y2-102-158、Y2-104-158和Y2-1