2007～2010年先后5次对东江下游惠州(剑潭)河段鱼类群落进行调查,共采集到鱼类69种,分属于8目20科58属,主要以鲤科(39种)、鲿科(7种)、鳅科(5种)为主。鲮(Cirrhina molitorella)、(Hemiculter leucisculus)、鲤(Cyprinus carpio)、赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)为该河段优势种。除食蚊鱼(Gambusia affinis)外,在该河段新采到4种外来鱼类,分别为罗非鱼(Tilapia sp.)、露斯塔野鲮(Labeorohita)、麦瑞加拉鲮(Cirrhina mrigala)和下口鲇(Hypostomus plecostomus)。与20世纪80年代调查资料相比,目前东江下游惠州河段定居性、杂食性鱼类比例升高,洄游性、肉食性鱼类比例下降。通过个体生态学矩阵(autecology matrix)分析,东江下游河段鱼类群落中肉食性、喜砂砾底质的底层急流鱼类受环境变化影响程度较大。从Simpson指数、Shannon-Wiener指数、Pielou’s均匀性指数、Margalef丰富度指数及G-F指数看,剑潭坝上下游河段鱼类群落多样性已开始显现出差异性。大坝建设、水体污染、过度捕捞等是影响东江下游河段鱼类群落变动的重要因素。