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依据部分线粒体16S rRNA基因序列,我们对贵州九种菊头蝠进行了分子系统进化关系研究。结果表明:马铁菊头蝠与其他菊头蝠亲缘关系较远,它可能是最原始的种类。中华菊头蝠和贵州菊头蝠聚在同一分支,表明它们之间亲缘关系非常接近,高鞍菊头蝠和贵州菊头蝠的DNA差异百分比最小(1.13%),因此认为这两个种亲缘关系也非常接近。