杏扁PaCBF1基因密码子偏好性分析

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为了研究杏扁PaCBF1基因密码子偏好性,以及为其选择适合的受体,本研究利用CHIPS、CUSP在线程序以及Codon W1.4.2软件对杏扁PaCBF1基因密码子偏好性进行分析;利用SPSS 22.0软件、MEGA5.0软件对各树种CBF基因进行聚类分析.结果表明,杏扁PaCBF1基因ENc值和CAI值分别为54.053、0.163;编码区G+C含量高于A+T含量,并且偏向于G/C结尾的密码子;其他树种CBF基因也偏向于G/C结尾的密码子.聚类分析表明,杏扁与梅的密码子使用偏性的相似性较高.密码子使用频率比较分析,发现杏扁PaCBF1基因密码子使用频率与酵母、大肠杆菌、烟草、拟南芥基因组密码子之间存在一定的差异.因此,要使杏扁PaCBF1基因在4种模式生物中高效表达,需将杏扁PaCBF1基因改造成宿主基因组偏爱的密码子.此研究为PaCBF1基因选择适合的受体提供了依据,同时也为进一步研究杏扁PaCBF1基因的表达、功能以及对非生物逆境的抵抗机制提供理论依据.“,”In order to study codon bias of PaCBF1 gene in Prunus armeniaca L. and select the suitable receptor for it, the codon bias of PaCBF1 gene in P. armeniaca was analyzed by CHIPS and CUSP online programs and Codon W1.4.2 software. At the same time, CBFs of various tree species were clustered by SPSS 22.0 software and MEGA5.0 software. The results showed that ENc and CAI values of PaCBF1 gene in P. armeniaca were 54.053 and 0.163, respectively. The content of G+C was higher than the content of A+T in encoding region, and it was biased towards the codon with the end of G/C. The CBF genes of other tree species also favored the codon with the end of G/C. Cluster analysis indicated that codon bias of CBF gene in P. armeniaca was quite similar to that in P.mume. A comparative analysis of codon usage frequency revealed that the usage frequency of PaCBF1 gene of P.armeniaca was different with genomes condon of Saccharomyces cerevisiae, Escherichia coli, Nicotiana sylvestris, and Arabidopsis thaliana. Therefore, in order to efficiently express P. armeniaca PaCBF1 gene in 4 kinds of model organisms, we needed to transform P. armeniaca PaCBF1 gene into a host genome preference codon. This study provided the basis for the selection of the suitable receptor for the PaCBF1 gene, as well as the basis for further study of the expression, function and resistance mechanism of P. armeniaca PaCBF1 gene to abiotic stress.
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