【摘 要】
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报道了一种蛋白-蛋白相互作用表面位点的嫁接方法. 首先确定被嫁接的配体表面结合区的重要残基, 在骨架蛋白中搜索适合于嫁接这些残基的位点. 基于对映残基的Ca , Cb 原子坐
【机 构】
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北京大学化学与分子工程学院,物理化学研究所,北京,100871
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报道了一种蛋白-蛋白相互作用表面位点的嫁接方法. 首先确定被嫁接的配体表面结合区的重要残基, 在骨架蛋白中搜索适合于嫁接这些残基的位点. 基于对映残基的Ca , Cb 原子坐标, 将骨架蛋白叠加到配体蛋白上, 评估骨架蛋白与受体蛋白的互补性并留下互补性较好的骨架蛋白.细调骨架蛋白与受体蛋白的相对位置, 使之具有合理的界面堆积密度. 然后在骨架蛋白选出的位置上移植配体蛋白相应的残基. 另外, 对于与受体有严重碰撞的残基, 或不能形成盐桥的包埋带电侧链, 也予以突变. 突变后的骨架蛋白与受体一起用Charmm进行能量优化. 用刚性蛋白-蛋白复合物结构回归出一个适合于嫁接研究的打分函数. 利用打分函数对骨架蛋白的结合自由能进行评估.
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