为了解福州菌草基地巨菌草和绿洲一号2种菌草的根际土壤真菌群落多样性,采用Illumina Miseq高通量测序技术和生物信息学方法,对菌草根际土真菌的多样性及群落结构进行分析。结果表明:从3份土壤样本中获得525 292条ITS序列,在97%序列相似性基础上可划分为7267个可操作分类单元(OTU)。真菌群落的丰富度指数(ACE)以菌草非根际土最低,绿洲一号根际土略高于巨菌草根际土;而多样性指数(Shannon-Wiener和Simpson)菌草根际土高于非根际土,绿洲一号根际土略高于巨菌草根际土。3份样品的优势菌门为子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)、接合菌门(Zygomycota)、壶菌门(Chytridiomycota)、球囊菌门(Glomeromycota);优势菌纲为散囊菌纲(Eurotiomycetes)、粪壳菌纲(Sordariomycetes)、座囊菌纲(Dothideomycetes)、伞菌纲(Agaricomycetes)、锤舌菌纲(Leotiomycetes)、圆盘菌纲(Orbiliomycetes)、银耳纲(Tremellomycetes)、粘膜菌纲(Wallemiomycetes);优势菌属为篮状菌属(Talaromyces)、深黄伞形霉属(Umbelopsis)、枝孢菌属(Cladosporium)、暗双孢菌属(Cordana)、镰刀菌属(Fusarium)、隐球菌属(Cryptococcus)、淡紫紫霉属(Purpureocillium)、赤霉菌属(Gibberella)、灵芝属(Ganoderma)。研究结果表明,菌草根际土真菌群落多样性高于非根际土,为进一步更好地利用菌草提供理论参考依据。