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我国高校现行科研经费管理存在诸多问题，“负面清单”管理模式为其改革提供了崭新的思路。基于治理理论中政府与高校、高校行政权力与学术权力之间平等、协商、互动的关系，构建高校科研经费负面清单管理模式需要遵循以人为本、去行政化、效益优先、分类管理的原则，通过加强顶层设计打造统筹兼顾平台、科学规划明确负面清单内容、依托信息技术构建管理监督体系、重视成果产出完善绩效评价体系、强调人力资本优化薪酬激励机制，充分发挥科研经费在推动高校科研事业发展中的积极作用。