目的调查医学院校入学新生的亚健康现状,分析与亚健康状态有关的影响因素,为制定新生亚健康预防措施提供依据。方法采用自制亚健康流行病学调查问卷,调查南方医科大学入学新生2 554名,亚健康状态诊断参考《亚健康中医临床指南》,诊断包括躯体亚健康、心理亚健康、社会不适应亚健康,统计分析采用χ2检验,对与亚健康群体有关的因素进行Logistic回归分析。结果医科院校新生亚健康总体现患率为40.20%,其中最高为躯体亚健康,其次是躯体及心理亚健康;女性现患率高于男性,差异有统计学意义(χ2=27.402,P=0.002);外省户籍不同性别新生亚健康现患率差异有统计学意义(χ2=18.482,P=0.030),女性现患率较高;眼睛疲劳、躯体疲劳、总想睡觉、眼睛干涩、大便干燥、躯体疼痛、睡眠质量差、感冒、颈肩酸痛、食量减退对新生躯体健康构成危险;情绪消极、情绪波动、不安全感、催逼着干事情、做事情须反复检查、压抑、抑郁、焦虑与新生心理健康密切关联;学习效率低、活动能力差、人际交往频率减少是新生社会不适应亚健康的危险因素。结论医科大学新生广泛存在亚健康状态,需要学校加强关注,积极预防新生亚健康的发生。