HCV基因分型生物芯片探针设计的探讨

来源 :临床检验杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:shizhongshan_2001
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目的 探讨适用于临床实验室的丙型肝炎病毒(hepatictisCvirus,HCV)基因分型诊断芯片的探针设计方案。方法 用TaxonomyBrowser和BLAST工具搜索GenBank中所有已登录的HCV序列,用Clustal.W算法进行序列连配与比对,用生物信息学方法获得 5′非编码区(5′UTR)和核心蛋白区(C区)的比对文件,根据探针设计的原则和要求,确定探针在序列中的位置。用Oligo6. 0和PrimerPremier5. 0软件设计探针。设计芯片上 6×6的探针阵列模式。结果 从 778个HCV序列中获得 5′UTR和C区序列变异比对文件,发现 7个存在活跃共突变的区域。根据序列分析数据设计了 5′UTR27个探针和C区 9个探针。设计了由不同的探针组合构成的 33种杂交阵列模式。结论 采用 5′UTR和C区多探针联合检测的基因芯片技术可简化HCV分型方法,提高检测结果的特异性。
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