实现黄河流域生态保护和高质量发展的国家战略目标，需要筑法治之基、积法治之势。司法作为构筑良法善治系统的关键一环，在守护黄河流域生态环境原貌底色中具有重要的法律功能、政治功能与社会功能。然而，基于行政区划建构的流域司法体制却无法适配于新时代黄河生态环境保护的秩序期待，主要梗阻表现为以下四个方面：面向流域治理的司法适用规范缺失、基于行政区划建立的还原主义环境司法模式缺乏生态理性、流域生态环境保护的司法协作机制“疲软”及黄河流域生态环境司法保护的预防性价值缺漏。为了纾解黄河流域生态环境司法治理存在的问题，建议从增加流域司法治理可适用性规范的供给、建构超越还原主义的黄河流域生态环境司法治理模式、优化流域司法协作治理机制及确立以预防性理念为价值依归的流域环境公益诉讼制度等方面予以完善。