环境DNA宏条形码（Environmental DNA metabarcoding, eDNA metabarcoding）技术在调查鱼类物种丰度和多样性方面具有快速、高效、环境友好等优势，但其敏感性和有效性需进一步评估。本研究选择位于瓯江水系上游一级支流松荫溪发源地的高碧溪和成屏水库作为调查水域，分别利用传统捕捞方法和eDNA宏条形码技术对2个水域的鱼类物种进行调查。结果表明：捕捞方法在2个水域共发现鱼类24种，88%鱼类物种（21种）在瓯江水系有记录，其中高碧溪采集到鱼类12种，隶属于4目8科11属，成屏水库采集到鱼类16种，隶属于3目4科14属。eDNA宏条形码技术在2个水域共检测到鱼类31种，有84%的物种（26种）在瓯江水系有记录，其中高碧溪共检测出28种，隶属于5目12科25属，成屏水库共检测出27种，隶属于6目11科25属。然而，2种调查方法在溪流中共同发现的鱼类仅1种，在水库中共同发现的鱼类也只有5种。此外，高碧溪Shannon多样性指数、Simpson多样性指数、Margalef丰度指数以及Pielou均匀度指数均高于成屏水库，且2种调查方式得出的结论较为一致。由此可见，eDNA宏条形码技术比传统调查方法能够发现更多物种，具有更高的敏感性，但与实际捕获的鱼类物种组成存在较大差异，因此本研究认为eDNA宏条形码技术目前仅可以作为传统渔业调查方法的参考依据，利用该技术给出的调查结论需持谨慎态度。