目的 了解由新冠病毒原型株和奥密克戎变异株引起的新冠肺炎疫情流行病学特征差异，总结防控经验，为云南边境地区实时调整防控措施提供参考依据。方法 对瑞丽市2021年3月29日—4月19日（以下简称新冠病毒原型株疫情）及2022年2月16日—3月26日（以下简称奥密克戎变异株疫情）两起新冠肺炎疫情的三间分布、核酸检测Ct值、潜伏期及密切接触者续发情况、聚集性疫情等方面进行对比描述性分析。结果 两起疫情均由境外输入引起，新冠病毒原型株疫情以确诊病例为主占79.49%（93/117），奥密克戎变异株疫情以无症状感染者为主，占81.77%（314/384），两起疫情感染者临床分型差异有统计学意义（χ2=177.254,P ＜0.001）；新冠病毒原型株疫情感染者确诊时核酸检测ORF1ab基因及N基因Ct值均高于奥密克戎变异株疫情，差异有统计学意义（Z=6.089,6.924,P＜0.001）；奥密克戎变异株疫情＜15岁及≥60岁组占比较新冠病毒原型株疫情有较大幅度上升，两起疫情年龄分布差异有统计学意义（χ2=33.236,P＜0.001）；两起疫情潜伏期M（P25,P75）分别为3（1,4.75）、3（2～5）d，差异无统计学意义（Z=–1.54,P=0.124），潜伏期＜7 d分别占88.75%和95.24%；两起疫情密切接触者感染续发率为1.17%（80/6 833）、2.78%（145/5 223），其中核心密接续发率为6.3%（58/920）、6.23%（111/1 782），一般密接、次密接中均无续发病例，两起疫情均显示在共同居住生活续发率最高，其次是聚餐；新冠病毒原型株疫情共发生聚集性疫情11起，占所有感染者的76.07%，奥密克戎变异株疫情发生聚集性疫情48起，占所有感染者的33.85%。结论 奥密克戎变异株感染者无症状比例高于新冠病毒原型株感染者，但奥密克戎变异株传染性强于新冠病毒原型株。云南边境地区应加强对周边邻国新冠肺炎疫情态势研判，切实落实重点人群监测、密切接触者和次级密切接触者分类分层管理等防控措施，持续提高老年人、＜15岁等适龄人群的免疫接种和序贯接种覆盖率，以实现外防输入，动态清零的防控策略。