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我国目前科技创新活动中需要摆脱诸多制度困境。宏观领域必须进一步实现科技活动中的干涉与自由、计划与市场、私权与公权的有机统一。微观领域科技运行中，科技创新的核心价值应当从科学或学术上来考量与评价；科技激励机制必须有利于及时提高科技人员的基本津贴；科技活动中还要构建确保求实和效益的“边界组织”。这样，才能营造一个良好的科技创新制度环境。