鲁迅在北京大学教授的是《中国小说史》，自己编写讲义，他讲的课生动有趣，他的学生冯至曾回忆说，听先生的课，“在引人入胜、娓娓动听的语言中蕴蓄着精辟的见解，闪烁着智慧的光芒。”鲁迅还在讲义的基础上完成了《中国小说史略》，胡适曾高度评价说：“这是一部开山的创作”，是中国文学史上空前绝后的巨作。
　　蔡元培时任北京大学校长期间，他和鲁迅经常走访，相互通信，互赠拓片和书籍，在交往的过程中，鲁迅非常敬重蔡元培，并把他看成前辈，在给蔡元培的信中，总是称他为“先生”，落款总是谦恭地写上“晚 周树人 谨上”。就是在他的日记里，也是时常以“蔡先生”相称：“得蔡先生信”、“寄蔡先生信”。蔡元培也非常欣赏鲁迅，不以前辈自居，不以当权者自居，他独具慧眼，看到了鲁迅文化学术价值，为鲁迅提供一次又一次的职位，为他的学术研究打开方便之门。蔡元培还非常看重鲁迅的人格魅力，鲁迅在教育部工作的时候，同事齐寿山非常崇拜他。教育部罢免鲁迅佥事一职后，齐寿山也跟着辞去了教育部的工作。
　　1932年12月17日，蔡元培与宋庆龄、杨杏佛等先生在上海组织中国民权保障同盟，宋庆龄先生为主席，蔡为副主席。1933年1月3日蔡元培函邀鲁迅参加民权保障同盟，17日鲁迅赴民权保障同盟会开会，被举为执行委员，会后，蔡元培将自己的旧作七绝二首书赠鲁迅：
　　养兵千日知何用，
　　大敌当前喑不声。
　　汝辈尚容说威信，
　　十重颜甲对苍生。
　　几多恩怨争牛李，
　　有数人才走越胡。
　　顾犬补牢犹未晚，
　　只今谁是蔺相如。
　　鲁迅一直珍藏着蔡元培写给他的这首诗。解放后，许广平把它捐献给了北京鲁迅博物馆。
　　20世纪30年代初，鲁迅开始倡导中国现代新兴木刻运动，他通过办展览、讲习班和出书来扶植木刻青年，他每出一本书都会寄给蔡元培，1931年2月14日鲁迅“午后访蔡先生，未遇，留赠《士敏土》两本”；1934年2月26日，他又“以《北平笺谱》寄赠蔡先生”；同年7月，又将《引玉集》赠予蔡元培，也就是上面信中提到的这本书。这本书是在日本印制的。1936年，鲁迅开始编辑《苏联版画集》，这也是他们的最后一次合作，鲁迅挑选版画作品编辑，蔡元培手书序文。
　　1936年10月19日，鲁迅在上海寓所病逝。这天，宋庆龄特意来到中央研究院，告诉鲁迅去世的消息，并请蔡元培参加鲁迅治丧委员会。次日，蔡元培前往万国殡仪馆吊唁，他在送的挽联上写道：“著作最谨严，岂唯中国小说史；遗言太沉痛，莫作空头文学家。”10月22日下午，在万国公墓为鲁迅举行葬礼，蔡元培亲为执绋，并为之致词，他说：“我们要使鲁迅先生的精神永远不死，必须担负起继续发扬他精神的责任来。”“我们要踏着前驱的血迹，建造历史的塔尖。”
　　1938年《鲁迅全集》编定即将印行之前，许广平于3月12日给蔡元培写信，请求为全集作序，蔡元培在4月7日的回信中“谊不容辞”地应许了，并要求许广平速将“全集详细目录”寄给他，在一个多月的时间里，蔡元培把鲁迅作品迅速浏览了一遍，6月1日，《鲁迅先生全集序》写好了，并让人“速送许广平先生”，序中高度评价了鲁迅先生在美术方面的贡献，鲁迅“酷爱美术，故不为清儒所囿□□金石学为宋以来较发展之学，而未有注意于汉碑之图案者，鲁迅先生独注意于此项材料之搜罗，推而至于引玉集、木刻纪程、北平笺谱等等，均为旧时代的考据家赏鉴家所未曾著手。”《鲁迅全集》20卷本终于出版了，蔡元培还为《鲁迅全集》纪念本题了字。许广平和鲁迅纪念委员会为答谢蔡元培，就让沈雁冰转赠一套《鲁迅全集》纪念本。蔡元培知道后复信给鲁迅纪念委员，信中说“鄙人对于鲁迅先生身后，终不愿毫无物质之补助，请以此款改作赙敬，仍托王君转致许景宋女士”。原来在接到全集之前，蔡元培早就按价付了一百元钱的订金。许广平接到信后非常感动，并按照蔡元培的意图，收下了一百元钱，用作“将来举行纪念事业”。