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目的分析新疆南部和北部甲型肝炎(甲肝)高发地州甲肝流行特征,为制定防控措施提供科学数据。方法通过中国疾病监测信息报告管理系统获得2006-2015年新疆南部和田地区、喀什地区和克孜勒苏柯尔克孜自治州(克州),以及新疆北部伊犁哈萨克自治州和昌吉回族自治州的甲肝个案数据,采用描述流行病学方法进行分析。结果和田、喀什、克州、伊犁和昌吉2006-2015年甲肝年平均发病率分别为36.91/10万、27.60/10万、49.27/10万、14.01/10万和6.75/10万。南疆、北疆地区甲肝均呈秋冬季高发;0-9岁儿童发病数分别占72.31%、32.33%;散居儿童、幼托儿童和学生发病数分别占77.44%、57.05%,男、女性发病数之比分别为1.47∶1、1.45∶1。结论南疆地区甲肝发病水平较北疆地区高。建议加强儿童和中小学生甲肝疫苗接种。