【摘 要】
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旨在利用浙江地区生长正常和生长滞缓两种生长状态下的罗氏沼虾,通过转录组测序技术,比对基因表达量的差异,探究生长滞缓的原因.本研究采用IlluminaHiSeqTM4000测序平台,对存在生长差异的罗氏沼虾的鳃、肝胰腺、肌肉三种组织共18个样本进行了转录组测序分析,将得到的基因片段组装后与NR、GO、KEGG、eggNOG、Swiss-Prot共五大数据库比对注释,然后进行表达差异分析.其中从肝胰腺组织共得到至少35 942 944条Clean read,鳃组织共得到至少34 309 548条Clean r
【机 构】
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上海海洋大学,水产科学国家级实验教学示范中心,上海,201306;上海海洋大学,农业部淡水水产种质资源重点实验室,上海,201306;上海海洋大学,水产动物遗传育种中心上海市协同创新中心,上海,201
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旨在利用浙江地区生长正常和生长滞缓两种生长状态下的罗氏沼虾,通过转录组测序技术,比对基因表达量的差异,探究生长滞缓的原因.本研究采用IlluminaHiSeqTM4000测序平台,对存在生长差异的罗氏沼虾的鳃、肝胰腺、肌肉三种组织共18个样本进行了转录组测序分析,将得到的基因片段组装后与NR、GO、KEGG、eggNOG、Swiss-Prot共五大数据库比对注释,然后进行表达差异分析.其中从肝胰腺组织共得到至少35 942 944条Clean read,鳃组织共得到至少34 309 548条Clean read,肌肉组织得到至少34 695 288条Clean read,拼接得到243 414条.通过对三种组织生长正常和生长滞缓样本文库分别进行两两对比,本研究在肝胰腺中发现2 323个基因表达呈显著差异(P＜0.05),肌肉中1 505个基因表达呈显著差异(P＜0.05),鳃组织中1 896个基因表达呈显著差异(P＜0.05).三种组织中得到存在共同差异的基因27个,其中24个基因在三种组织中表达趋势一致,其中14个基因被成功注释,新发现10个未被注释的基因,可能与罗氏沼虾生长密切相关的基因.本研究为进一步探究罗氏沼虾生长缓慢原因提供了基础信息.
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