目的 通过系统梳理与分析新冠病毒感染相关的转录组数据，为研究新冠病毒感染过程中的生物学变化和致病机制提供更多的比较医学基础信息。方法 按照检索策略，以COVID-19和SARS-CoV-2为检索词，从GEO、ArrayExpress、GEN三大转录组数据库收集获得2020年1月—2023年5月的新冠病毒感染转录组数据集，分析得到新冠病毒感染转录组的数据资源组成、分布和研究应用情况，并对数据分布进行可视化展示及关联分析。从临床医学和比较医学两个方面，围绕临床相关分子机制、生物标志物及相关免疫反应、治疗干预策略等方面，分析现有新冠病毒感染转录组数据的研究应用和局限性，阐述其研究价值和应用前景。结果 共纳入新冠病毒感染转录组数据975组，在3个数据库中样本来源于人的数据集最多，分别占71.9%、77.9%和90.0%。除人以外，小鼠等是数据主要来源物种，呼吸系统和神经系统是数据分布排名在前的两个系统。在临床意义方面关联27个数据集。分析显示，基于转录组数据挖掘得到呼吸道损伤等相关分子机制，cfDNA等生物标志物可作为治疗靶点，以M1型巨噬细胞为代表的细胞变化和失调与新冠病毒感染严重程度相关。比较医学分析表明小鼠、仓鼠等均为新冠病毒易感动物，其中恒河猴和食蟹猴与人类的感染特征高度相似，仓鼠除了呼吸道症状还存在消化系统症状。新冠病毒能在各种易感动物呼吸系统器官、雪貂的肠道及水貂的耳部进行复制，产生肺炎、弥漫性肺损伤等不同程度的病理变化；基于免疫应答差异，可使用仓鼠进行中和抗体反应研究。结论 目前新冠病毒感染转录组数据较多，但缺少比较转录组研究，可将转录组学与比较医学进一步结合，从而对新冠病毒感染的比较医学差异进行更深入的挖掘。