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南京医科大学第二附属医院消化医学中心是江苏省临床重点专科、南京医科大学“十一五”重点学科,卫生部消化内镜医师诊疗技术培训基地”(江苏省首批唯一)、南京医科大学消化内镜研究所所在地。中心下设南京医科大学消化内镜研究所、消化内镜中心、消化内科、微创外科。该中心共有床位77张,现有在职医护人员65人,其中,医生24人。