嵌入式创新生态系统能够帮助核心企业进行创新生态布局，抢占竞争赛道与谋求未来领导地位，实现上述目标的前提则是与成员企业建立合作关系，进一步引进更多的成员企业，在与成员企业的合作中掌握主导权，加快合作创新速度与提高合作创新质量。合作机制设置是嵌入式创新生态系统中合作关系构建的核心内容，反映了系统内部的利益动力机制。为了对嵌入式创新生态系统开展突破性创新进行过程管理，从核心企业、成员企业、政府监管部门的角度分别探讨嵌入式创新生态系统的发展对策。基于嵌入式创新生态系统中核心企业对大量成员企业进行战略主导与提供创新必要资金支持及其他互补性资源的情境特征，从核心企业视角比较非股权契约（含债权）、投资不控股（低比例投资）、投资控股三种合作机制的利益激励作用，并对各参数变量的演化结果进行实例仿真。结果表明，投资不控股合作机制对核心企业最有利。此外，核心企业引入“以牙还牙”策略作为投资不控股合作的补充激励机制，能够对成员企业形成有效激励，最大化核心企业利益。最后，从核心企业、成员企业和政府监管部门的角度分别提出了实践启示。