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利用前期研究筛选的12个微卫星标记（SSR）首选标记对2005年南方稻区国家水稻区域试验199个水稻品种进行了DNA指纹鉴定，构建了199个水稻品种×12个首选标记的南方稻区国家水稻区域试验品种DNA指纹库。在首选标记座位上，常规稻和杂交稻的主导等位基因基本相同，籼稻和粳稻的主导等位基因差异较大；常规稻品种的纯合度高，多数杂交稻品种的杂合度较高、杂合座位数呈正态分布。比较相同母本的系列杂交稻组合，表明主导不育系系列组合具有较高的组内品种问母本一致性。此外，对南方稻区国家水稻区域试验品种特异性鉴定