肿瘤坏死因子-α相关椎间盘退变基因表达的生物信息学分析

来源 :中国矫形外科杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:binics
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[目的]研究肿瘤坏死因子-α (tumor necrosis factor-α, TNF-α)相关退变椎间盘基因表达谱芯片数据,应用生物信息学方法挖掘TNF-α刺激后退变椎间盘的关键差异基因,初步探讨其相关信号通路及相互作用网络,为椎间盘退变分子机制研究提供线索。[方法]在公共数据库GEO (Gene Expression Omnibus)中下载TNF-α刺激后退变椎间盘的基因芯片数据,通过R语言筛选出TNF-α刺激后退变椎间盘细胞的差异表达基因,利用DAVID、STRING在线工具对差异表达基因进行基因本体、信号通路及相互作用网络的分析。[结果]在TNF-α刺激后的退变椎间盘纤维环细胞中共找到754条关键差异表达基因,其中上调461条,下调293条;基因本体注释分析表明这些差异表达基因主要与细胞外基质、损伤反应、炎症反应、凋亡调控等相关;信号通路分析表明这些差异表达基因主要涉及到细胞因子相互作用、凋亡、NOD样受体、趋化因子转导等信号通路;相互作用网络分析表明JUN、CCL3、ANHK等基因可能在椎间盘退变中起关键作用。[结论]应用生物信息学方法分析TNF-α刺激后退变椎间盘基因表达谱发现CCL3等基因可能通过炎症反应在椎间盘退变的发生发展中起一定作用,生物信息学方法可发现一些潜在靶基因,为椎间盘退变的研究提供新的思路。
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