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鸟类多样性研究是自然保护区的重要工作之一。2021年1—12月，采用样线法和样点法，调查了广东连南板洞省级自然保护区鸟类多样，共记录到鸟类15目54科211种。其中国家Ⅰ级和Ⅱ级重点保护鸟类分别为2种和34种；区系以东洋界为主，有129种（61.72%），古北界44种（21.05%）。居留型以留鸟为主，有136种（65.07%），冬候鸟40种（19.14%）。优势种为栗颈凤鹛Staphida torqueola和淡眉雀鹛Alcippe hueti；常见种和少见种分别为27种和59种。Shannon-wiener多样性指数、Marglef丰富度指数、Pielou均匀度指数和Simpson指数计算结果均为板洞保护站最高。该保护区是每年大批鹭鸟等候鸟迁徙的必经路线，建议加大监测力度，掌握候鸟变化动态等。