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中国边疆学学科体系建设目前面临的主要问题是，没有完全摆脱研究领域的影响，未能从人才培养、学科知识体系建设、推进边疆问题研究等角度思考一级、二级学科规划，特别是回避了与现有学科体系对接的问题。从边疆研究的问题意识、研究方法看，边疆研究要完成对边疆社会历史与现状的记录与认知，在此基础上，开展以经世致用为目的的边疆问题研究，要完成这一目标，需要历史学、考古学、地理学、社会学、文化人类学、政治学等学科理论与方法的综合利用。由此再与现有学科体系对接，则中国边疆学应为交叉学科门类下一级学科，其下再设中国边疆历史学、中国边疆社会学、中国边疆政治学、中国边疆经济学等二级学科。