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遗传算法在解算反舰导弹火力分配问题时，具有解算结果最优或次优，但由于解算过程中会产生过多不满足约束条件的染色体，导致该算法解算时间比较长，不能满足反舰导弹作战使用时对火力分配问题的实时性要求；为了提高解算效率，文中依据反舰导弹火力分配问题的特殊性，提出了基于序号的遗传编码方式，并给出了详细的编码过程模型，提高了遗传算法在多型反舰导弹协同攻击多目标情况下的火力分配解算效率；最后，通过实例论证了该算法的可行性和有效性。