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随着网络技术的发展，分布式系统对时间同步的要求越来越高，IEEE1588协议正是为实现精密时钟同步而设计的。本文在系统介绍IEEE1588时钟同步原理的基础上，提出了一种提高同步精度的从时钟频率自补偿算法。该算法在继承IEEE1588协议本身特点的前提下，采用从时钟硬件时钟计时频率自调节的方法解决了每两次PTP同步之间时钟漂移偏差逐步扩大的问题。算法在自行设计的协议栈中进行了验证，测试结果表明，算法的引入有效的提高了同步的精度。