目的:分析研究浙江省市县两级疾病预防控制机构绩效工资制度实施现状,完善疾控系统绩效工资制度。方法:采用普查的方式对全省所有市县疾病预防控制机构进行绩效工资实施现状的专项问卷调查,收集有关数据资料,并通过描述性分析、t检验、方差分析等统计方法对数据进行分析。结果:全省99家市县疾病预防控制机构有98家实施了绩效工资,绩效工资核定水平参照系各不相同,90.91%(90/99)的单位没有建立动态调整机制。绩效工资实施前后市、县疾病预防控制机构人员收入的差异均有统计学意义(P<0.05),而各机构间的人员收入差距的变化则无统计学意义(P>0.05)。市、县疾病预防控制机构管理岗位人员的工资收入与专业技术岗位、工勤岗位之间的差异有统计学意义(P<0.05)。结论:绩效工资实施前后市、县疾病预防控制机构人均年收入上升和下降并存,不同地区间收入差距变化不明显;市、县管理岗位人员的工资收入高于其他岗位类别;正确选择绩效工资水平核定依据和总量动态增长机制、建立优化单位内部绩效工资分配制度,是进一步规范和完善绩效工资制度的重要内容。