【摘 要】
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密码子偏好是自然现象,分析密码子的用法可以优化表达基因,即密码子优化,从而调节目的基因在特定宿主中的表达水平.现有密码子用法分析软件多数只限于单个密码子,适用于密码
【机 构】
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福建省高校工业生物技术重点实验室(华侨大学),厦门大学化学化工学院化学工程与生物工程系
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密码子偏好是自然现象,分析密码子的用法可以优化表达基因,即密码子优化,从而调节目的基因在特定宿主中的表达水平.现有密码子用法分析软件多数只限于单个密码子,适用于密码子对和密码子三联体的较少见.本文提出1种可统计任意密码子用法的软件结构,开发出1个密码子用法统计软件"BestCodon",拥有序列检查和密码子用法统计2个模块.检查模块可代替人工校对,剔除输入序列中非规范字符,为后续分析提供正确的、符合规范的数据.统计模块根据用户指定的密码子组合类型,结果返回特定的密码子用法表.本文还探讨序列检查和密码子用法统计中计算机的运算特性,结果表明该软件检查1条长达150000 bp的序列仪耗时约0.2 s,而从中统计密码子十联体的用法仅耗时约0.1 g.
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