受资源环境、地理区位等因素制约,新疆南部地区农业发展整体滞后。新时期,加快推进新疆南部地区农业产业结构调整,促进农牧民全面实现脱贫致富奔小康,实现农业可持续发展,是推进新疆南部地区经济社会发展的重要手段。在系统梳理相关研究文献的基础上,通过实地调研数据,分析新疆南部地区农业结构现状发现,存在水资源超采且利用率低、种植业结构调整节水空间不足、畜牧业产业链弱化和农产品加工业竞争力不强等问题,因此,新疆南部地区农业结构调整思路应该是不断提高农牧业水资源利用效率,科学保护区域内自然资源;不断提升农牧业现代化水平,科学化发展种植业与养殖业;不断强化农牧业深度融合,全方位推进农产品加工业升级,以期为新疆南部地区农业供给侧结构性改革、农村地区发展以及精准扶贫等工作提供参考。