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公益类科研机构是国家创新体系的重要组成部分。针对我国公益类科研机构数量偏多、公益目标模糊、产出效率低的问题，自2001年我国开始了对该类机构的分类改革。目标有二：一是具有面向市场能力的部分从公益类机构内部剥离出去；二是推动公益类研究由事业型管理模式向高度社会化的非营利型组织（NPO）管理模式转变。实践表明这两项创新都不是短期内可以实现的。本文分析了创新过程中“一所两制”管理模式形成的原因和存在的意义，以典型发达国家为参照，评价了我国公益类科研机构的创新绩效，提出了当前应该稳定“一所两制”管理模式并推进准非