《史记》中载，侯生和卢生本要为秦始皇求长生不死药，但因觉得秦始皇太贪恋权势，就偷偷跑了。秦始皇认为他们不仅背叛了自己，还在背后说自己的是非，简直死不足惜，一怒之下，下令把人坑的坑、流放的流放。
　　这个故事充满漏洞。侯生、卢生逃跑的理由有三：秦法严苛、秦始皇太過勤政、秦始皇重法不重儒。其他都好说，但为什么突然乱入了儒生？是因为侯生、卢生为儒生抱不平，所以被牵连了？然而并没有。秦始皇后面抱怨的全是骗他的方士，他们没做好本职工作就算了，还在背后诽谤，天天教唆没文化的百姓，是可忍孰不可忍！
　　所以说，秦始皇那么生气是因为发现这些人在挑战他的权威，此时他的用意也被点出来了—他要让天下人知道，不可妄议朝廷、妖言惑众。然而在这里，被坑的人又变了，从最开始的“方士”到“文学方术士”，再到“诸生”，也就是说，方士逃跑事件最后演变成了儒生被坑的惨剧。
　　秦始皇建立了相对进步的司法机构，按律这些人该怎么处置呢？《史记》中，刘邦曾说过，一个人如果犯了诽谤罪，不仅他要被弃市处死，全家都要被杀。妖言惑众的人，秦法怎么处置呢？也是灭族。显然跟活埋都没关系。
　　如此看来，这是一个漏洞百出的拉仇恨故事，但幕后黑手会是谁呢？
　　坑儒这个说法最早是由孔子的第10世孙孔安国提出来的，他也是司马迁的古文经学老师。然而秦汉初年的儒生都没提过这件事，就连西汉初年的贾谊在《过秦论》中也只说秦始皇焚书，杀的是豪杰，与儒生无关。孔安国的老师也没提到任何关于坑儒的事。不仅如此，司马迁在《史记》中提到的焚书坑儒，前后也不完全一致。《秦始皇本纪》中写焚书坑儒，《儒林传》中却说坑杀的是方士。
　　那是不是有人篡改了《史记·秦始皇本纪》？现在看到的《史记》是东汉明帝后的版本，与司马迁所写的恐怕大有出入。而汉武帝时期，董仲舒“罢黜百家，独尊儒术”，奠定了儒家的地位。从春秋战国时期就与儒家水火不容的法家，当然成为被诟病的对象。
　　大秦是典型的法家政治，选官“唯辟田与胜敌而已”，包括当时焚书所留下的也不过是“医药卜筮种树”这些实用书籍。在这样的情况下，儒生不免被冷落，出现侯生等人所说的“博士虽七十人，特备员弗用”的情况。更何况，秦始皇焚书、禁止私学一事，的确断了很多儒生的活路，被儒生怨恨也是理所当然。而孔安国作为孔子的世孙，对秦始皇有此评价也不足为怪了。
　　到了西汉末年，侯生、卢生逃跑的故事又有了新的进展。《说苑》中写得就跟传奇话本似的，前面还是两人准备潜逃，秦始皇大怒，坑杀诸生，结果反而让这两人跑了。后来好不容易把侯生抓回来了，侯生面谏，“今陛下奢侈失本，淫泆趋末……”秦始皇默然良久，竟放了他。
　　这样的段子是不是很熟悉？是的，那就是千百年来儒生劝谏君主的范本，这跟方士有什么关系？看来侯生已经忘却自己方士的身份，或者怜悯被他们牵连的四百多个儒生，所以替他们教训了秦始皇一顿，保住了自己的性命。
　　关于这个故事，后世脑洞越开越大。在东汉卫宏的《诏定古文官书序》中，被坑杀的人暴涨到七百多，被杀也变成了被诱杀。然而历史从来都是由胜利者书写，从《汉书》开始，“燔诗书，坑儒士”就成了贴在秦始皇身上的标签。