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对农药残留的质谱分析一般需要找到目标离子，并核对辅助定量离子的比例。有时要从高度复杂的基质背景中确证目标化合物是非常困难的．因为基质影响了目标化合物的离子比例，或者增加的离子使图谱变得更复杂了。要使结果更明确．经常需要扣除背景和进行手工积分。所以．从复杂基质中确证目标化合物是一个费时的过程。有经验的分析人员一般要花15～30min去处理确证一个数据文件．