通过对大泷六线鱼不同生长期肠道微生物进行分析。【目的】基于宏基因组学技术揭示其肠道微生物变化特征及其与营养的联系。【方法】对大泷六线鱼仔鱼、稚鱼、幼鱼肠道微生物样本进行HiSeq高通量测序，分析菌群结构，比较微生物群落的多样性，探究生长过程肠道微生物的相互演替及功能关系。【结果】结果发现，门水平上，鱼肠道微生物在生长过程中优势菌门变形菌门Proteobacteria递减，而厚壁菌门Firmcutes递增；属水平上，仔鱼期的弧菌属Vibrio（37.8%）、稚鱼期的发光杆菌属Photobacterium（77.8%）、幼鱼期的乳酸菌属Lactococcus（42.5%）占优势，微生物群落组成发生显著变化；且仔鱼期的多样性高，幼鱼期的丰富度高；物种差异也呈现着与生长特征的相关性，幼鱼期差异标志物是厚壁菌门、芽孢杆菌纲Bacilli、乳酸杆菌目Lactobacillales、链球菌科Streptococcaceae、乳球菌属Lactococcus、乳酸乳球菌Lactococcuslactis；稚鱼期差异标志物是发光菌属、托鲁尼发光菌Photobacteriumtoruni；仔鱼期差异标志物是Phaeobacter inhibens、Colwellia aestuarii和Colwellia polaris 等。宏基因组功能水平分析显示，KEGG数据统计代谢功能占优势，随生长呈现递增趋势，鱼肠道微生物群在碳水化合物代谢、氨基酸代谢、核苷酸代谢、能量代谢以及辅助因子和维生素代谢中起着重要作用；从蛋白注释功能上也呈现了类似的结果，碳水化合物代谢（3 350）和氨基酸代谢（2 424）占代谢通路主要组成部分。功能差异分析表明，随着生长变化，微生物功能逐渐适应机体和环境需求，稚鱼期差异主要体现在能量代谢、糖降解功能；仔鱼期差异显著的是细胞的生长、死亡和凋亡功能，主要体现在光合作用方面；幼鱼期主要体现是二级代谢物的生物合成，其次是糖酵解和糖异生等碳水化合物代谢等。【结论】因此，大泷六线鱼仔、稚、幼不同生长期肠道微生物结构存在显著差异，生长发育改变肠道微生物菌群的功能，采用差异物种和差异功能综合判定生长所需的营养，有助于提高养殖效益，为绿色健康生态养殖提供理论基础。