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长期以来认为Y染色体的大部分区域不会发生重组,称这部分Y染色体为非重组区(NRY).近来的研究表明这部分Y染色体可以进行重组,因此改称之为男性特异区(MSY).重组的方式有:在回文序列的两个翼上发生的基因转变,在重复顺序之间进行重组从而导致缺失和倒位,带来一些多态性状甚至引起疾病.还可能存在其他方式的重组.对Y染色体上发生的重组的研究将推动医学、遗传学、基因组学、生物进化、分子生物学和法医学等学科的发展.