1898年创办的京师大学堂既是当时全国最高学府,同时担负教育行政之责,于经制财政外另立新的经费收支体系。1904年,总理学务处承接了大学堂的教育行政与经费管理职能。清廷于1905年底设学部以承担中央教育行政机构的职能,学部成为新政背景下融合教育管理旧制、临时措置于一体的新型经制中央机构。教育经费体系经前期过渡,正式归入学部。由此,中央教育财政体系逐步成形,财政规模亦日渐扩大。在教育与官制改革的交互作用下,清末中央教育财政呈现两大特征:一是外销与内销双轨财政体制并行,在相当长一段时期内,大学堂经费体系与科举经费体系同时存在;二是“内销—外销”财政体系向“中央—地方”财政体系转型,大学堂经费与内销性质的科举旧款、外销性质的各省摊解款逐渐整合,并与各级政区相对应,形成“上下”层级的全国教育财政体系。中央教育财政体系的形成,是清末教育、官制与财政改革中交错互动关系的集中体现,折射出清末地方外销财政扩张与中央财政集权的悖反趋向。