以单核苷酸多态性(Single-nucleotide polymorphism,SNP)为遗传标记,采用全基因组关联研究(Genome-wide association studies,GWAS)的策略,已经在660多种疾病(或性状)中发现了3800多个遗传易感基因区域。但是,其中最显著关联的遗传变异或致病性的遗传变异位点及其生物学功能并不完全清楚。这些位点的鉴定有助于阐明复杂疾病的生物学机制,以及发现新的疾病标记物。后GWAS时代的主要任务之一就是通过精细定位研究找到复杂疾病易感基因区域内最显著关联的易感位点或致病性的易感位点并阐明其生物学功能。针对常见变异,可通过推断或重测序增加SNP密度,寻找最显著关联的SNP位点,并通过功能元件分析、表达数量性状位点(Expression quantitative trait locus,eQTL)分析和单体型分析等方法寻找功能性的SNP位点和易感基因。针对罕见变异,则可采用重测序、罕见单体型分析、家系分析和负荷检验等方法进行精细定位。文章对这些策略和所面临的问题进行了综述。