我国《政府信息公开条例》第三十七条明确规定：“教育、医疗卫生、计划生育、供水、供电、供气、供热、环保、公共交通等与人民群众利益密切相关的公共企事业单位在提供社会公共服务过程中制作、获取的信息的公开，参照本条例执行，具体办法由国务院有关主管部门或者机构制定。”
　　但高校与全额财政拨款的政府机关不同，高校的经费来源除了财政拨款之外，还有众多的自收自支，如学费收缴、社会捐赠、科研项目、校办企业、联合办学培训等；而且，高校的三公经费使用也较为分散，除了学校“行政”之外，访问访学、交流交换、会议讲座等都可能在不同的项目中开支了，有的高校还将教师的交通补贴、餐饮补贴算入了津贴之中，导致了事实上的统计困难，预算和决算也不准确。
　　这种种的现实境遇，造就了高校三公经费迟迟没有达到透明公开的现状。
　　难题一：融资多样化后的监管真空
　　中国教育科学研究院研究员储朝晖认为，中国高校自身的融资渠道相对于其他事业单位来说更加的多样化，这无形中加大了高校的自律性与他律性的难度。目前为止，高校经费来源主要有三种渠道：政府拨款、市场筹措和学术项目。高校经费来源的政府拨款，是指政府直接面向高校划拨经费。高校经费来源的市场筹措，是指高校通过市场运作筹措办学经费，主要渠道包括面向社会提供服务、通过提高办学声望和教学质量寻求捐赠，吸引更多的学生并收取学费。高校的学术项目经费，是指高校通过承担国家和社会的各类科学研究项目和社会问题研究项目，并藉此获取项目经费支持。
　　高校经费来源的多样化，使得高校在经费的使用层面具有更大的自主权，有些经费的明细更是成了监管的真空，这样使得监管的难度变得异常的艰难。尤其是对于高校自身筹资的那部分资金，监管更是无从谈起。
　　无论是高校“三公”消费本身问题，还是治理“三公”消费过程中出现的问题，追究其产生的原因，主要有观念、体制方面的原因。
　　难题二：观念及认识误区
　　不同的观念会产生不同的行为。中国高校的“三公”消费问题和治理中出现的问题，在观念层面上带有明显的“前市场经济”烙印。
　　中国人民大学法学院教授莫于川认为，“三公”乱象充分反映了计划经济体制下的国家财政理念。尽管传统社会主义国家的根本理念是为人民服务，但是在财政体制的设计上和运行上则是以国家为中心的，以适应公有制基础上的计划经济发展体制。它强调国家利益至上，从而形成服务于国家和政府的财政体制和财政观念。这种财政体制和观念具有封闭性和人治性，客观上忽视了财政的公共性、公开化和法治化。
　　等级身份观念也是造成教育三公经费至今未公开的罪魁。无论是中国传统社会，还是传统社会主义，事实上都是一种等级官僚体制，高校也概莫能外。与这种体制相辅相成的是等级身份观念。这种等级既是一种身份荣誉象征，也是一种福利待遇。因此，多数高校官员认为，享受这种待遇是应该的，也是心安理得的。在这种观念下，很少有人把自己的身份和福利待遇与“三公”消费以及花纳税人的钱联想在一起。许多高校官员对在“三公”上的挥霍并不认为有什么不对，他们认为反正没有装入自己的腰包，你不能说我贪污，也不能说我腐败。为公家做事，花公家的钱，这些钱不花白不花。
　　难题三：体制尚待完善
　　北京大学宪法与行政法研究中心主任姜明安指出，中国高校“三公”乱象产生的主要原因在于体制的缺陷或监督体制的不协调、不到位。
　　人大审查监督的不到位。从宪法文本上来讲，政府部门对高校做出的财政预决算是要受到人民代表大会的审查和监督，但是各级人民代表大会的审查与监督事实上大多流于形式。严格地说，这是人民大表大会未能按照宪法履行好自己的职责，是一种不作为行为。
　　高校行政部门内部治理局限。近年来，国务院的关于治理三公消费的举措对于推进高校行政体制改革无疑具有重大意义。但是这些措施只是国家各级行政系统内部的治理和自律。如果没有高校体制外部的制约与监督，最终也会懈怠而失去可持续性。
　　审计机构的尴尬地位。在我国，各级审计机构隶属于政府，是政府的一个组成部门，它向行政首长负责，是行政部门内部的审查机构，而不是像国外许多国家那样，或向立法部门负责，或属于司法系列，或不隶属于任何其他权力部门。我国各级审计机构的这种尴尬地位，在监督平级部门力度上大打折扣，即使审查出高校什么问题来，在行政处罚和司法惩治上几乎没有什么权力，最终不了了之，失去了其应有的作用和权威。
　　社会监督缺乏有效渠道。由于我国民间社会组织还不发达，公民社会还没有真正建立起来，信访渠道并非畅通，舆论主流媒体还没有发挥其强有力的对高校监督的作用。
　　高校“三公”信息公开做不到位的根源在两方面：一是在目前高校管理体制里，学校没有真正做到公开透明地办校；另一方面，高校是事业单位，在这方面存在运行监管的空白。