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生物科学技术学院成立于2005年3月，由理学院生物技术系和农学院生态学系组建而成。现设4个系：生物技术系、生物工程系、生物科学系和生态科学系，1个国家级实验教学示范中心和省级示范实验室：植物科学实验教学示范中心和生物学基础课示范实验室，2个财政部特色专业实验室：农业生物技术实验室、农业生态学实验室，2个研究所：湖南省农业生物工程研究所、湖南农业大学生态学研究所，2个湖南省重点实验室：植物激素与生长发育重点实验室、作物基因工程重点实验室，1个生物学博士后科研流动站。