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农业技术创新具有极强的公益性，同时又具有研发周期长、风险高、可复制性强的特点，这决定了农业产业技术创新联盟的运行较之其他产业更为复杂。基于广东省农业产业技术创新联盟发展现状，分析其组织模式、运行机制及存在的问题，提出政府应专门制定农业产业技术创新联盟发展规划，大力培育和支持以农业龙头企业为牵头单位的技术创新联盟，并构建合理的评估指标体系以科学评估农业内部不同产业技术的正外部性，分类确定各产业领域财政专项资金的最佳投入比例，同时要构建完善的联盟内部利益分享和风险分摊机制。