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肠道微生物生态系统是哺乳动物体内最复杂和最大的微生态系统。然而现今大量抗生素的使用使得肠道菌群发生巨大改变，一部分菌群受到冲击而被破坏，甚至发展为难辨梭菌感染。粪菌移植作为一种特殊的器官移植，和可以重建肠道菌群的疗法重新被临床所关注，但这一治疗方法并未成为常规治疗手段，因其操作的特殊性并不被很多临床工作者及患者所接受。如今随着粪菌移植研究的逐渐深入，其在难治性难辨梭状芽孢杆菌感染、炎性肠病、肠易激综合征、慢性疲劳综合征以及一些与代谢性疾病相关的肠道外疾病中得到使用。现结合国内外相关文献，对粪菌移植的起源、适应证、机制、制作过程、现状及未来等研究进展作一综述，旨在为粪菌移植这一治疗方法更好地应用于临床提供借鉴。