鲆鲽类线粒体基因组的基因组成非常保守,均编码37个基因。鲽亚目线粒体主编码链的A+T含量较低,介于53.21%(星斑川鲽)与55.78%(大菱鲆)之间。鳎亚目舌鳎科的两个物种(短吻舌鳎和半滑舌鳎)线粒体主编码链的A+T含量较高,分别达到60.35%和60.59%;而鳎亚目鳎科的塞内加尔鳎线粒体主编码链的A+T含量与鲽亚目物种非常接近,为54.63%。庸鲽属、星鲽属和舌鳎属线粒体蛋白质编码基因的非同义替换率(Ka)与同义替换率(Ks)的比值(Ka/Ks)最低为0,最高为0.2171,表明在鲆鲽类线粒体基因组中存在较强的纯化(负)选择。鲽亚目的9个物种及鳎亚目鳎科的塞内加尔鳎线粒体基因组与脊椎动物线粒体基因组的典型排列方式完全一致。然而,鳎亚目舌鳎科的短吻舌鳎和半滑舌鳎线粒体基因组与此相比,均存在一个tRNA基因(trnQ)的易位与倒位。综合分析12种鲆鲽类内部线粒体单基因的变异位点特征,nad5、nad4和nad2基因是较为理想的分子标记。基于线粒体基因组构建的鲆鲽类系统发生结果支持其在科阶元的亲缘关系为:{[(鲽科+牙鲆科)+菱鲆科]+鳎科}+舌鳎科。鳎亚目的鳎科先与鲽亚目聚类(BPN=100,BPM=100),随后与舌鳎科聚类(BPN=100,BPM=100),从而将鳎亚目分为2支,综合线粒体主编码链的A+T含量与基因排列等基因组特征,鳎亚目是否为单系群受到质疑,值得今后进一步研究来确定。