基于全长转录组的蛇足石杉ARF基因家族鉴定分析

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生长素响应因子(ARF)是介导生长素信号传导并调节多种生物学过程的转录因子家族。为探究蛇足石杉ARF基因家族成员及其在高温和干旱胁迫响应中的作用,该研究利用全长转录组和RNA-seq数据,分析蛇足石杉ARF基因家族成员的系统发育及表达模式,并通过生物信息学分析,对ARF基因家族的理化性质、结构域、保守基序、系统发育、组织表达模式及高温和干旱胁迫下的表达模式进行分析。结果表明:(1)在蛇足石杉全长转录组中共筛选出24个ARF家族成员,均为酸性蛋白且均为亲水蛋白。(2)亚细胞定位预测显示所有24个Hs ARFs均定位于细胞核。(3)系统发育分析发现,Hs ARFs与被子植物拟南芥和水稻亲缘关系较远,与高等开花植物只有2个共同的ARF祖先。(4)结构域分析发现,除Hs ARF18/23/24外,大多数Hs ARFs有B3结构域。二级结构分析发现Hs ARFs蛋白占比最多的为无规卷曲,其次为延长链和α-螺旋。24个Hs ARFs蛋白中所用的三级结构模型只有4种。(5)RNA-seq分析显示7个HsARFs在所有检测的器官中表达量均较高,10个HsARFs在茎中的表达量高于根和叶,而HsARF13和HsARF14在叶中的表达量低于根和茎。(6)HsARFs在高温和干旱胁迫下表达量发生显著变化,其中18个HsARF基因不同程度高温胁迫诱导,有7个HsARFs基因响应干旱胁迫,其中有3个HsARFs基因受干旱诱导,有4个HsARFs基因受干旱抑制。该研究结果为蛇足石杉ARF基因的功能研究提供了信息。
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