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疏水表面水下减阻研究是当前减阻研究领域的热门课题之一，该类表面一般分布着微纳米尺度的微结构，其附近流动属微流动问题。以疏水纳米通道内微流动为例，探索了将现有微流动相关理论和方法应用于疏水性表面减阻研究的可行性，并结合疏水表面界面特性，给出了疏水纳米通道内微流动的分子动力学数值计算方法（MDS）。其中，在数学模型中，统计系综为正则系综（NVT），势能函数采用Lennard．Jones模型，壁面设定为刚性壁面，壁面疏水性则通过在势能函数中引入修正因子来表征；而在数值计算中，温度校正使用速度标定法，牛顿运动方程