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底栖动物对水体中沉积物的稳定性（再悬浮、抗侵蚀、抗冲刷、抗崩解等）具有综合性的扰动效应。除了生物洞穴对沉积物物理结构的直接作用外,还有生物在扰动过程中产生的化学效应。底栖动物扰动区的沉积物通常表现为高含水率、高渗透性、表层沉积物细化、下层沉积物粗化、表层强度降低、下层强度增强,这些物理性状之间密切相关。底栖动物对沉积物稳定性的扰动效应是水体污染释放、营养元素浓度、富营养化水平的重要决定因素,其中的很多作用机理还需进一步深入研究。