【摘 要】
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为明确独行菜(Lepidium apetalum Willd.)LaAP2基因密码子的使用特性,运用CodonW与EMBOSS等程序软件,分析了独行菜LaAP2基因密码子的使用偏好性,并比较了独行菜LaAP2基因与模式生物的密码子使用频率.通过中性绘图、ENc(有效密码子数)和差性分析,探讨AP2基因密码子使用偏性形成的原因.结果表明:独行菜LaAP2基因的ENc值为48.65,CAI(密码子适应指数)为0.214,GC含量为42.69％,表明其密码子使用偏性弱,密码子偏好使用AT;RSCU值计算独行菜L
【机 构】
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喀什大学 生命与地理科学学院叶尔羌绿洲生态与生物资源研究高校重点实验室,喀什844000;新疆师范大学 新疆特殊环境物种保护与调控生物学实验室干旱区植物逆境生物学实验室,乌鲁木齐830054
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为明确独行菜(Lepidium apetalum Willd.)LaAP2基因密码子的使用特性,运用CodonW与EMBOSS等程序软件,分析了独行菜LaAP2基因密码子的使用偏好性,并比较了独行菜LaAP2基因与模式生物的密码子使用频率.通过中性绘图、ENc(有效密码子数)和差性分析,探讨AP2基因密码子使用偏性形成的原因.结果表明:独行菜LaAP2基因的ENc值为48.65,CAI(密码子适应指数)为0.214,GC含量为42.69％,表明其密码子使用偏性弱,密码子偏好使用AT;RSCU值计算独行菜LaAP2基因高频密码子有11个;不同物种间的AP2基因的密码子存在一定选用偏好性;RSCU聚类分析表明,独行菜LaAP2基因与双子叶植物中十字花科的植物使用偏性最相似;密码子碱基成分和相关性分析发现,LaAP2基因在进化过程中密码子偏好性的形成与突变和自然选择等诸多因素相关;比较密码子使用频率分析发现,原核生物大肠杆菌表达系统更适合作为独行菜LaAP2基因的异源表达受体,模式植物拟南芥是较适宜独行菜LaAP2基因的遗传转化受体.研究为今后独行菜LaAP2基因的异源表达以及相关基因功能的进一步研究提供了重要参考.
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