目前雅连主要的种植模式是林下种植，为研究不同树种对雅连根区土壤真菌群落的影响，本研究采用高通量测序技术对6种树种下种植的雅连土壤真菌群落结构进行了测定，分析了珙桐（Davidia involucrata）、少花桂（Cinnamomum pauciflorum）、猫儿屎（Decaisnea insignis）、核桃树（Juglans regia）、枫杨（Pterocarya stenoptera ）以及漆树（Toxicodendron vernicifluum）下种植的3年生雅连土壤真菌群落结构组成与差异，结合雅连6种生物碱含量进行相关性探究。结果表明，本研究的6个样本组中的真菌群落结构包含414门、52纲、139目、332科、692属、1106种。6种树种下土壤真菌的优势菌门均为被孢霉门Mortierellomycota、子囊菌门Ascomycota、担子菌门Basidiomycota，三个菌门的相对丰度之和占真菌的63.47%-84.46%，但优势菌属差异较大，其中小被孢霉属、古根菌属在各样本组中均处于较高水平。珙桐组的雅连6种生物碱含量显著高于其他各组，猫儿屎组次之，漆树、核桃树、枫杨等树下雅连生物碱含量低。珙桐树下雅连根区土壤关键菌属为Saitozyma属 、Apiotrichum属、Leptodontidium属，而漆树下雅连根区土壤真菌的关键菌属为土赤壳属llyonectria及新丛赤壳属Neonectria。本结果对于雅连林下种植的选林技术具有理论指导作用。