通过目标层、准则层和指标层3级指标体系,从水文水资源、物理结构、水质、水生生物等方面对清水河流域的生态完整性进行评价,并探究人类活动干扰影响下清水河流域生态完整性的时空差异及其影响因素。结果表明,清水河干流生态完整性得分为52.4~57.3,生态完整性状况一般;主要支流中,清平河得分为45.8~63.9,碧松就河得分为69.6~73.5,高枧槽河得分为9.7~43.5,旧城河得分为52.2~54.9;各支流生态完整性状况碧松就河为好,清平河、旧城河均为一般,高枧槽河较差。对清水河流域5条河流生态完整性得分影响较大的准则层是水文水资源,其完整性得分偏低的主要原因是各河流生态流量满足程度较低。各河流生态完整性在时间和空间尺度上存在较大差异,总体上10月(秋季)优于4月(春季),受人类活动干扰相对较少的碧松就河、清平河、清水河上游及下游优于人类活动影响较大的旧城河、高枧槽河及清水河普者黑风景区段及丘北县城段。生态评价可得出影响清水河流域生态完整性的胁迫因子,为今后清水河流域的水生态保护和水资源合理开发利用提供依据。