中药微生态以多种方式直接或间接参与药材生长发育、代谢过程、成分积累等，进而对中药道地性的形成、变迁产生重要影响。揭示中药微生态结构及其变化规律与药材品效之间的关系，是中药微生态学研究的主要任务之一。地理和气候等因素所致的土壤环境异质性，以及距离及宿主选择等隔离因素所致的离散限制性，是中药微生态地理分异的主要成因。中药微生态对道地药材鲜明的产地属性及优良品质属性产生了重要影响与贡献，主要体现在优良种质形成（包括使宿主获得更高的抗病虫害能力、抗旱能力、耐盐能力、抗寒能力等）、产量提高、药用部位形态建成、有效成分代谢积累、采收的时限性、药材毒性的形成、加工与炮制过程中的增效减毒、引种栽培后的品效变迁、菌类中药道地性等方面。随着现代信息技术组学的蓬勃发展，基于中药微生态介导的道地性化学成分的生源途径挖掘、基于微生态量效关系的中药代谢合成反应器的开发、基于中药微生态结构重构的道地药材仿生种植、基于中药微生态的产地鉴别条码溯源技术以及中药减毒增效技术等将成为未来的研究趋势。